주제원에는 바람의 정원, 오늘의 정원 등 8가지의 주제가 있는 주제정원과 온실이 있다. 온실은 국내 최대규모로 지하 2층 지상 4층으로 구성됐다. 온실에서는 열대 지역과 지중해 지역의 세계 12개 도시의 8000여 종의 식물을 정식 개장에 맞춰 보유할 예정이다. 내부의 다양한 식물들을 '스카이워크'라는 공중 산책로를 통해서 더욱 가까이서 즐길 수 있다.

다채로운 식물과 더불어 관람객의 눈길을 끄는 것은 독특한 온실의 외관이다. 돔 구조인 온실은 그 옆면과 천장이 모두 투명해서 식물들이 햇빛을 잘 흡수할 수 있도록 지어졌다. 천장은 열과 부식에 강한 저항력을 가지는 특수소재인 ETFE로 구성이 되어 튼튼하고 일반유리보다 햇빛을 잘 전달할 수 있다. 옆면은 3000장의 유리로 구성되어 엄청난 규모를 자랑하고 외관에 독특함을 더한다.

열린숲은 서울식물원의 입구이면서 다양한 안내 서비스가 제공되는 공간이다. 지하철역과 직접 연결되어 접근성을 향상시켰다. 또한 역삼동 LG아트센터가 이곳으로 이전되어 2020년에 완공되면 관람객들은 다양한 문화생활을 즐길 수 있을 것이다.

호수원에는 드 넓은 호수와 그것을 지나는 호수 횡단보도교가 인상적이다. 이곳에 수변가로를 거닐면서 사방으로 탁 트인 시야를 바라보며 시민들에게 편안함을 제공한다. 여름철에는 어린이 물놀이터에서 시원한 물줄기 속에서 더위를 해소하고 아이들은 즐거운 시간을 보낼 수 있다.

마지막으로 습지원은 서울식물원과 한강이 만나는 지점으로 다양한 생태경관을 자랑한다. 여기 저기서 수 많은 습지식물을 찾아 볼 수 있고, 한강에 서식하는 습지 동물들 또한 관찰할 수 있다. 습지원 한편에 있는 새관찰대에서 한강전망과 더불어 한강주변에 서식하는 다양한 새들을 더욱 자세히 바라볼 수 있다.

서울식물원에서는 이외에도 씨앗도서관, 식물문화센터, 다양한 전시회 등이 마련되어 있어, 어린이들에게도 다양한 볼거리와 체험의 기회를 제공한다.

서울식물원는 대중교통을 이용해서도 방문할 수 있다. 지하철을 이용하면 9호선,공항철도 마곡나루역 3,4번 출구가 바로 식물원과 연결되어 있다. 이외에도 9호선 양천향교역 8번 출구나, 5호선 마곡역 2번 출구에서 도보로 5~10분 거리이다.

지난해 10월 11일 임시 개관을 해서 오는 5월 정식 개관을 앞두고 있다. 온실이 있는 주제원은 평시(3~10월)에는 오전 9시부터 오후 18시까지 운영하고, 동절기(11월~2월)에는 오전 9시부터 17시까지 운영한다. 열린숲, 호수원, 습지원은 연중 24시간 개방한다.

매주 월요일이 휴관일이고 반려동물과의 출입과 카메라 삼각대 반입은 제한된다.