이들이 생활하는 분홍색 페인트칠한 숙소는 공사한지 얼마 되지 않아서 페인트 냄새가 많이 났다고 했다. 환기도 잘되지 않아서 피부가 예민한 이들은 온몸에 피부병이 발병하기도 했다고 한다. 또 밥이나 간식 등을 제대로 주지 않아 몰래 간식을 들고 온 이들도 있고 화장실 또한 통제해 정해진 시간이 아니면 화장실을 가지 못하게 하는 등 많은 규제를 가했다. 이로 인해 대부분의 참가자들은 건강에 문제를 겪었다고 한다. 제작진은 참가자들에게는 '조작', '감금' 등의 금지 단어를 설정해 이와 관련된 말을 하지 말라고 강제하기도 했다. 이는 합숙과정에서의 인권침해 문제를 시사한다.

또한 참가자 중 한명인 '이해인'의 투표 집계에서 제작진은 그녀의 문자 득표수를 2,000여 표라고 방송에서 말했지만, 그녀의 팬들이 결과에 의문을 품고 투표 인증을 한 결과 5,000여 건의 인증 사진이 나와 논란이 제기됐었다. 그리고 방송에서는 3,000명의 오디션을 거쳐 41명을 뽑았다고 말했지만 실제로 그들 중 대부분은 오디션을 본 적이 없었다. 애초에 오디션을 본 3,000명의 참가자들 중에서는 뽑을 생각이 없었다는 의미이다.

'프로듀스 x 101'은 Mnet의 '프로듀스 101', '프로듀스 48' 등의 후속작으로 지난 5월 방영된 남자들을 대상으로 한 오디션 프로그램이다. 이들은 남자 아이돌이 되기 위해 연습하고, 경쟁하며 최종 데뷔하는 11명을 선정한다. 

하지만 프로듀스 x101에서도 많은 의혹이 제기되었다. 원래는 센터를 연습생들이 뽑는 방식이었는데 제작진에서 갑자기 국민들이 뽑는 방식으로 변경해 기존에 센터였던 연습생이 센터를 못하게 되기도 했고, 특정 소속사의 연습생들에게는 경연곡을 미리 알려주는 등 참가자들 사이에 부당함을 느낄 수 있는 상황이 많이 있었다고 한다. 보통 작곡가 주도로 파트가 분배되지만 제작진인 작가와 PD가 작곡가를 설득해 이를 바꾸기도 했다.

또한 최종 득표수의 경우 대부분의 순위 간 득표수 차이가 7,494의 배수와 아주 근사하게 나타났는데 이는 지극히 낮은 확률이며 투표수 조작의 결정적인 증거라고 할 수 있다. 

두 프로그램 모두 시청자가 직접 자신이 원하는 참가자에게 투표하는 방식의 오디션 프로그램이다. 그러나 이와 같이 투표 조작 등의 문제점은 지속적으로 제기되어 왔고, 제작진들은 의혹을 피하기 힘든 상황이다. PD수첩을 통해 많은 팬들은 제작진이 아이돌 구성원을 뽑는데 많은 영향을 끼치고 있었다는 사실을 알게 되었으며 이에 대해 많은 팬들이 실망을 표출했다.

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피디수첩 논란...프로듀스 x101, 아이돌학교 어떤 프로그램이길래?

아이돌학교 참가자들의 인권침해
제작진이 그룹 멤버 구성에 관여
투표 조작 및 편집 으로 인기 몰아주기 등